På kirkens sydvestlige endevæg hænger det store orgel, som blev bestilt og betalt af Christian 5. og indviet i 1698. Orglet er bygget af brødrene Botzen, datidens førende orgelbyggere, som af kongen havde fået monopol på orgelbygning i den danske stat.

Som en fornem repræsentant for 1600-tallets orgelbyggerkunst i Nordtyskland og Skandinavien flyder orglet ind i kirkerummet som et kæmpemæssigt træskib med krummelurer, blomsterranker og engle skåret ind i det mørke træværk. Den monumentale facade er udført i lindetræ og egetræ.

Allerede fra sin indvielse blev orglet en europæisk berømthed, og i de forløbne tre århundreder er instrumentets betydning for den danske kirkemusik aldrig aftaget. I årene 1889-1965 var de guldcicelerede facadepiber gjort stumme, og deres “genopdagelse”, gjort af orgelbyggeren Poul Gerhard Andersen i begyndelsen af 1960’erne, fik betydning for klangen af nybyggede danske orgler i årene derefter. Den slanke, overtonerige klang, der kendetegner disse Botzen-piber, er af stor poetisk værdi sammen med den fine efterklang, Vor Frelsers Kirkes særlige korsformede skib giver orglet.

Orglets facade er lavet på værkstedet hos billedhuggeren Christian Nerger (død 1708). Nerger indvandrede fra Sachsen og blev i 1686 kongelig billedhugger; hans arbejde i Vor Frelsers Kirke, hvor også hele den prægtige stukkatur i kirkerummet er hans arbejde, blev højdepunktet i hans virksomhed for kongehuset i samarbejde med arkitekten og kgl. generalbygmester Lambert van Haven (1630-1695). Orgelet er udskåret i linde- og egetræ i en højbarok “akantus-stil”, navngivet efter planten akantus, der allerede i den græske oldtid var inspiration for ornamentkunst på korinthiske søjler.

Orglet består af fem værker: hovedværk, rygpositiv, svelleværk, brystværk og pedalværk. I ældre orgler vil man tydeligt kunne se disse værker i facaden som selvstændige felter og tårne, men i Nergers facade er værkerne smeltet sammen, og harmonisk helhed er af større betydning end den musikalske klarhed. Han har endda lavet dobbelhus til rygpositivet for at danne en værdig ramme omkring Christian V.s buste. Man kan dog godt fornemme, at pedalets huse er de to tårne på siderne, og at hovedværkets hus er midten af instrumentet. I hovedværkets midterste facadepibe (Principal 16’-stemmens C) har Botzen-brødrene sat cymbelstjernen, som drejer rundt og anslår en række bjælder i orglet som nutidens “wind chimes”. På orglets tag har de endvidere sat en mekanisk gøg, der kukker vemodigt, når organisten beder den om det med et særligt træk. En nattergal rummer orglet også; den er dog af nyere dato.

Vor Frelsers Kirke er bygget i pompøs barokstil der virkelig kunne fremvise kongens enevældige magt. For i det historiske verdenbillede var det kongen der med sin magt befandt sig lige under Gud og den hellige kirke. Og Christian d. 5. holdt sig ikke tilbage – i midten af orglet sidder han og skuer ud over sit kirkebyggeri, iført kæmpe krøllet paryk og et autoritært ansigtsudtryk. Omkranset af to små englebørn og med kronen svævende over hovedet. Hans blik falder på alle, der besøger rummet. Ligeledes er orglet båret af to store elefanter – et symbol på magt og styrke, og på enevældens fornemmeste orden – Elefantordenen. Ud over kongen troner fire udskårne figurer i helkropsstørrelse over rummet – gudinderne for tro og for håb bærende på anker og kors, fromheden med flammehår og overflødighedshorn, og gudinden for retfærdighed, Justicia. Disse symboler går igen i alteret i den anden ende af kirkerummet, og taler ind i Christian 5.s valgsprog – “Med fromhed og retfærdighed” (Pietate et Justitia).

Alle de synlige piber på orglets facade er de originale piber i tin fra 1698. Piberne er nogle af landets ældste, og klangligt giver de en helt særlig mulighed for at høre orglets toner i netop det rum, som instrumentet er bygget til. Altså kan du i Vor Frelsers Kirke opleve lyden af 1698. Utroligt nok har disse piber overlevet alt fra store brande, til englændernes bombardement af København i 1807, og blev heller ikke smeltet om til geværkugler til de danske tropper under de slesvigske krige i 1800-tallet. Måske fordi de fine piber er udsmykket med sirlige guldinskriptioner “Christian 5. og Soli Deo Gloria – Al ære tilkommer Gud alene”

Orglet har fra begyndelsen været et sted hvor musikken skulle spilles så den ærede både kongen og Gud. Oppe ved selve tangenterne har kirkens organister gennem tiden slået tonerne an under de formanende ord “Ej efter egen nykke og blot til ørenlyst, men hjertet at opbygge, du lade op min røst! Agt det alene, at jeg må salmens ord og menighedens kor enfoldigt tjene.”

Botzen-brødrenes orgel fremstod som et barokorgel i nordtysk-skandinavisk stil med 28 stemmer fordelt på tre manualer og pedal. Da orgelbyggerfirmaet Busch i 1889 renoverede orglet, erstattede de det klassiske brystværk med det romantiske svelleværk. Og da orgelbyggerfirmaet Marcussen i 1933 forestod en renovering, der skulle føre orglet lidt tættere på sin oprindelige klang og mekaniske indretning, kom et fjerde manual til, nemlig til det genopståede brystværk. Med sine 56 stemmer er der derfor trangt i orgelhuset nu, og orglet fremstår som en både spændende og velgennemtænkt hybrid af tre århundreders dansk orgelbyggerkunst. Orglet er siden 2009 udstyret med et programmeringsanlæg (Jens Lanvad-system) med 8000 forudstillige klangkombinationer. 

Det er orgelbyggerfirmaet P.G. Andersen og Bruhn, der vedligeholder orglet, og de mange stemmer og glade fugle og klokker kan høres ved stort set alle gudstjenester, kirkelige handlinger og selvfølgelig koncerter i Vor Frelsers Kirke.

Orglets nuværende disposition
(årstal angiver byggeåret): 

Brøndal Orglet

Vor Frelsers Kirke har en vision om at udvide kirkens musikalske udtryk til også at omfatte de mindre og mere kammermusikalske konstellationer. For at undersøge denne vision låner kirken i en periode et positiv bygget af orgelbygger Simon Brøndal. Det er et instrument, der er særligt velegnet som continuo-, akkompagnement- og soloinstrument. Orglet har 3,5 stemmer med delte registre og et klaviaturomfang på 54 tangenter (C – f´´´).